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将注册资金从500万变更为100万是一个涉及公司资本变更的重大决策，需要按照相关的法律法规进行。具体的操作步骤如下。
1、召开股东会议：召开公司股东会议，讨论并决定减少注册资本，根据公司法和公司章程的规定，需要获得全体股东的同意。
2、编制资产负债表和财产清单：在决定减少注册资本后，公司需要编制资产负债表和财产清单，以确认公司的资产和负债情况。
3、通知和公告债权人：根据公司法的规定，公司需要在减少注册资本的决议之日起十日内通知已知的所有债权人，并在报纸上公告，债权人有权要求公司清偿债务或者提供相应的担保。
4、修订公司章程：注册资本变更后，需要修改公司章程中的相关内容。
5、办理工商变更登记手续：需要向工商部门办理注册资本变更登记手续，提交相关材料，包括股东会决议、资产负债表、财产清单、修改后的公司章程等。
虽然上述步骤描述了整个过程，但具体的法律要求可能会因地区和公司类型的不同而有所差异，建议在操作前咨询专业的法律人士或律师，以确保整个过程的合法性和合规性，减少注册资本可能会影响到公司的信誉和业务发展，需要谨慎考虑。